博士 (理学), 大阪大学, 2011年03月

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構造生物学

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ゲノム科学

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ライフサイエンス, 免疫学, ワクチン

情報通信, 生命、健康、医療情報学, バイオインフォマティクス

ライフサイエンス, システムゲノム科学, モデル化とシミュレーション

ライフサイエンス, 構造生物化学, 生物物理化学

情報通信, 知能情報学, 分子設計

2025年04月 - 現在
国立健康危機管理研究機構, 国立感染症研究所 ワクチン開発研究センター, 客員研究員

2025年04月 - 現在
日本大学, 文理学部 生命科学科, 准教授

2022年04月 - 2025年03月
厚生労働省 国立感染症研究所, 治療薬・ワクチン開発研究センター 第六室, 主任研究官

2022年04月 - 2023年03月
東京大学, 教養学部, 非常勤講師

2019年04月 - 2022年03月
東京大学, 大学院工学系研究科 医療福祉工学開発評価研究センター, 講師

2018年04月 - 2022年03月
中央大学, 理工学研究科, 非常勤講師

2018年02月 - 2019年03月
東京大学, 大学院工学系研究科 医療福祉工学開発評価研究センター, 助教

2017年04月 - 2018年01月
東京大学, 大学院工学系研究科 バイオエンジニアリング専攻, 特任研究員

2015年04月 - 2017年03月
昭和大学, 薬学部, 助教

2014年10月 - 2015年03月
東京大学, 大学院工学系研究科 バイオエンジニアリング専攻, 特任研究員

2011年10月 - 2014年09月
ジョンズホプキンス大学, 化学生物工学部, 特任研究員

2011年04月 - 2011年09月
大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任研究員

2009年04月 - 2011年03月
日本学術振興会, 特別研究員 (DC2)

2010年11月 - 2010年12月
MRC国立医学研究所, 数理生物学部門, 客員研究員

2009年09月 - 2010年08月
カリフォルニア大学サンフランシスコ校, 薬化学部, Jr. Specialist

2006年04月 - 2011年03月
大阪大学, 蛋白質研究所 (生命機能研究科)

2002年04月 - 2006年03月
北里大学, 薬学部

2025年10月 - 現在
蛋白質科学会アーカイブ編集委員, 日本蛋白質科学会

2006年 - 現在
代議員, 北里大学 薬友会

2025年05月 - 2025年10月
Event Committee, The 1st International Online Conference by Antibodies (IOCAB 2025)

2017年01月 - 2019年12月
分野別専門委員 (抗体工学), 日本生物物理学会

2019年
構造活性フォーラム 実行委員, 日本薬学会 構造活性相関部会

2019年
日本生化学会, JB論文賞
★

2015年11月
日本薬学会, メディシナルケミストリーシンポジウム優秀賞

2008年06月
日本蛋白質科学会, ポスター賞

★Genetic diversity of pangolin coronaviruses reveals a key immuno-evasive substitution at spike residue 519
Maximilian Stanley Yo; Yu Kaku; Yusuke Kosugi; Jarel Elgin Tolentino; Daisuke Kuroda; Yunlong Richard Cao; Kei Sato
Journal of Virology, 2026年05月, 査読有り, 通常論文

★Hybrid Supercharged Antibodies: A Rational Approach to Boost Immunoassay Sensitivity via Controlled Nanoparticle Adsorption
Junichi Sato; Keisuke Kasahara; Satoru Nagatoishi; Keisuke Murakami; Daisuke Kuroda; Jose M.; M. Caaveiro; Hirokazu Nagai; Kouhei Tsumoto
Langmuir, 2026年04月, 査読有り, 通常論文

★Observation of redistribution for local conformational dynamics in cross-reactive antibody design
Yoshiki Yasuda; Satoru Nagatoishi; Jiei Sasaki; Ryo Matsunaga; Daisuke Kuroda; Takao Hashiguchi; Kouhei Tsumoto
The Journal of Biochemistry, 2026年04月, 査読有り, 通常論文
責任著者

★Intra-patient neuraminidase mutations in avian H5N1 influenza virus reduce sialidase activity to complement weaker hemagglutinin binding and facilitate human infection
Yohei Watanabe; Madiha S. Ibrahim; Yasuha Arai; Daisuke Kuroda; Emad M. Elgendy; Shin-ichi Nakakita; Yohei Takeda; Vuong Nghia Bui; Takao Ono; Shota Ushiba; Tomo Daidoji; Nongluk Sriwilaijaroen; Haruko Ogawa; Kazuhiko Matsumoto; Yasuo Suzuki; Takaaki Nakaya
PLOS Pathogens, 2026年01月, 査読有り, 通常論文

★Optimizing the breadth of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies in vivo and in silico
Daisuke Kuroda; Saya Moriyama; Hiroaki Sasaki; Yoshimasa Takahashi
Human Vaccines & Immunotherapeutics, 2025年07月, 査読有り, 招待有り
筆頭著者

Developing FGF2 Mutants with Selectively Reduced Heparan Sulfate Affinity to Explore Their Impact on FGFR1 Signaling
Yuga Okada; Akihiro Eguchi; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto; Ryosuke Ueki; Shinsuke Sando
ChemBioChem, 2025年07月, 査読有り, 通常論文

Improving the solubility of single domain antibodies using VH‐like hallmark residues
Yuta Uto; Makoto Nakakido; Takanori Yokoo; Jorge Fernandez‐Perez; Kevin Entzminger; Toshiaki Maruyama; C. J. Okumura; Daisuke Kuroda; Jose M.; M. Caaveiro; Kouhei Tsumoto
Protein Science, 2025年06月, 査読有り, 通常論文

Development of a small compound that regulates the function of a maltodextrin-binding protein of Streptococcus pyogenes by multifaceted screenings
Tsukushi Yamawaki; Makoto Nakakido; Satoru Nagatoishi; Jose M.; M. Caaveiro; Daisuke Kuroda; Chihiro Aikawa; Ichiro Nakagawa; Kouhei Tsumoto
Scientific Reports, 2025年06月, 査読有り, 通常論文

Supercharging design of an anti-lysozyme Fab antibody to regulate ligand-dependent reversible aggregation
Keisuke Kasahara; Makoto Nakakido; Daisuke Kuroda; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto
Polymer Journal, 2025年04月, 査読有り, 招待有り

Affinity-stability trade-off mechanism of residue 35 in framework region 2 of VHH antibodies with β-hairpin CDR3.
Koichi Yamamoto; Satoru Nagatoishi; Ryo Matsunaga; Makoto Nakakido; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Protein science, 2025年04月, 査読有り, 通常論文

Molecular convergence of neutralizing antibodies in human revealed by repeated rabies vaccination
Mizuki Fujisawa; Taishi Onodera; Daisuke Kuroda; Chidchamai Kewcharoenwong; Michihito Sasaki; Yukari Itakura; Kohei Yumoto; Arnone Nithichanon; Naoto Ito; Shinji Takeoka; Tadaki Suzuki; Hirofumi Sawa; Ganjana Lertmemongkolchai; Yoshimasa Takahashi
npj Vaccines, 2025年02月, 査読有り, 通常論文
責任著者

Unveiling the structural mechanisms behind high affinity and selectivity in phosphorylated epitope-specific rabbit antibodies
Keisuke Kasahara; Raiji Kawade; Makoto Nakakido; Ryo Matsunaga; Hiroki Akiba; Kevin C. Entzminger; Toshiaki Maruyama; Shigeru C.J. Okumura; Jose M.M. Caaveiro; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Journal of Biological Chemistry, 2024年11月, 査読有り, 通常論文
責任著者

Structural basis for receptor-binding domain mobility of the spike in SARS-CoV-2 BA.2.86 and JN.1
Hisano Yajima; Yuki Anraku; Yu Kaku; Kanako Terakado Kimura; Arnon Plianchaisuk; Kaho Okumura; Yoshiko Nakada-Nakura; Yusuke Atarashi; Takuya Hemmi; Daisuke Kuroda; Yoshimasa Takahashi; Shunsuke Kita; Jiei Sasaki; Hiromi Sumita; Keita Matsuno; Naganori Nao; Hirofumi Sawa; Keita Mizuma; Jingshu Li; Izumi Kida; Yume Mimura; Yuma Ohari; Shinya Tanaka; Masumi Tsuda; Lei Wang; Yoshikata Oda; Zannatul Ferdous; Kenji Shishido; Hiromi Mohri; Miki Iida; Takasuke Fukuhara; Tomokazu Tamura; Rigel Suzuki; Saori Suzuki; Shuhei Tsujino; Hayato Ito; Naoko Misawa; Ziyi Guo; Alfredo A. Hinay; Kaoru Usui; Wilaiporn Saikruang; Spyridon Lytras; Keiya Uriu; Ryo Yoshimura; Shusuke Kawakubo; Luca Nishumura; Yusuke Kosugi; Shigeru Fujita; Jarel Elgin M.Tolentino; Luo Chen; Lin Pan; Wenye Li; Maximilian Stanley Yo; Kio Horinaka; Mai Suganami; Mika Chiba; Kyoko Yasuda; Keiko Iida; Adam Patrick Strange; Naomi Ohsumi; Shiho Tanaka; Eiko Ogawa; Tsuki Fukuda; Rina Osujo; Kazuhisa Yoshimura; Kenji Sadamas; Mami Nagashima; Hiroyuki Asakura; Isao Yoshida; So Nakagawa; Kazuo Takayama; Rina Hashimoto; Sayaka Deguchi; Yukio Watanabe; Yoshitaka Nakata; Hiroki Futatsusako; Ayaka Sakamoto; Naoko Yasuhara; Tateki Suzuki; Yukari Nakajima; Takashi Irie; Ryoko Kawabata; Kaori Sasaki-Tabata; Terumasa Ikeda; Hesham Nasser; Ryo Shimizu; M. S. T; Monira Begum; Michael Jonathan; Yuka Mugita; Sharee Leong; Otowa Takahashi; Takamasa Ueno; Chihiro Motozono; Mako Toyoda; Akatsuki Saito; Anon Kosaka; Miki Kawano; Natsumi Matsubara; Tomoko Nishiuchi; Jiri Zahradnik; Prokopios Andrikopoulos; Miguel Padilla-Blanco; Aditi Konar; Jumpei Ito; Katsumi Maenaka; Kei Sato; Takao Hashiguchi
Nature Communications, 2024年10月, 査読有り, 通常論文

Triphenylphosphonium-modified catiomers enhance in vivo mRNA delivery through stabilized polyion complexation
Jumpei Norimatsu; Hayato L. Mizuno; Takayoshi Watanabe; Takumi Obara; Makoto Nakakido; Kouhei Tsumoto; Horacio Cabral; Daisuke Kuroda; Yasutaka Anraku
Materials Horizons, 2024年07月, 査読有り, 通常論文
責任著者

Impact of single-residue mutations on protein thermal stability: The case of threonine 83 of BC2L-CN lectin
Megumi Hoya; Ryo Matsunaga; Satoru Nagatoishi; Teruhiko Ide; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
International Journal of Biological Macromolecules, 2024年06月, 査読有り, 通常論文

Functional insights of Tyr37 in framework region 2 directly contributing to the binding affinities and dissociation kinetics in single-domain VHH antibodies
Koichi Yamamoto; Satoru Nagatoishi; Makoto Nakakido; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2024年05月, 査読有り, 通常論文

Structural basis for the recognition of human hemoglobin by the heme-acquisition protein Shr from Streptococcus pyogenes
Akinobu Senoo; Masato Hoshino; Toshiki Shiomi; Makoto Nakakido; Satoru Nagatoishi; Daisuke Kuroda; Ichiro Nakagawa; Jeremy R. H. Tame; Jose M; M. Caaveiro; Kouhei Tsumoto
Scientific Reports, 2024年03月, 査読有り, 通常論文

Unveiling the affinity–stability relationship in anti-measles virus antibodies: a computational approach for hotspots prediction
Rimpa Paul; Keisuke Kasahara; Jiei Sasaki; Jorge Fernández Pérez; Ryo Matsunaga; Takao Hashiguchi; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Frontiers in Molecular Biosciences, 2024年03月, 査読有り, 通常論文
責任著者

Editorial: Progress and challenges in computational structure-based design and development of biologic drugs
Traian Sulea; Sandeep Kumar; Daisuke Kuroda
Frontiers in Molecular Biosciences, 2024年02月, 査読有り, 招待有り
ラスト(シニア)オーサー

Generation of antibodies to an extracellular region of the transporters Glut1/Glut4 by immunization with a designed antigen
Taichi Sumikawa; Makoto Nakakido; Ryo Matsunaga; Daisuke Kuroda; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto
Journal of Biological Chemistry, 2024年02月, 査読有り, 通常論文

Conformational features and interaction mechanisms of VHH antibodies with β‐hairpin CDR3: A case of Nb8‐HigB2 interaction
Koichi Yamamoto; Satoru Nagatoishi; Ryo Matsunaga; Makoto Nakakido; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Protein Science, 2023年11月, 査読有り, 通常論文

Biophysical insight into protein-protein interactions in the Interleukin-11/Interleukin-11Rα/glycoprotein 130 signaling complex
Chinatsu Mori; Satoru Nagatoishi; Ryo Matsunaga; Daisuke Kuroda; Makoto Nakakido; Kouhei Tsumoto
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2023年11月, 査読有り, 通常論文

Targeting hemoglobin receptors IsdH and IsdB of Staphylococcus aureus with a single VHH antibody inhibits bacterial growth
Sandra Valenciano-Bellido; Jose M.M. Caaveiro; Makoto Nakakido; Daisuke Kuroda; Chihiro Aikawa; Ichiro Nakagawa; Kouhei Tsumoto
Journal of Biological Chemistry, 2023年09月, 査読有り, 通常論文

Arginine cluster introduction on framework region in anti‐lysozyme antibody improved association rate constant by changing conformational diversity of CDR loops
Shingo Maeta; Makoto Nakakido; Hiroaki Matsuura; Naoki Sakai; Kunio Hirata; Daisuke Kuroda; Atsushi Fukunaga; Kouhei Tsumoto
Protein Science, 2023年08月, 査読有り, 通常論文

Modulation of a conformational ensemble by a small molecule that inhibits key protein–protein interactions involved in cell adhesion
Akinobu Senoo; Satoru Nagatoishi; Daisuke Kuroda; Sho Ito; Go Ueno; Jose M; M. Caaveiro; Kouhei Tsumoto
Protein Science, 2023年08月, 査読有り, 通常論文

Structural basis for cross-group recognition of an influenza virus hemagglutinin antibody that targets postfusion stabilized epitope
Keisuke Tonouchi; Yu Adachi; Tateki Suzuki; Daisuke Kuroda; Ayae Nishiyama; Kohei Yumoto; Haruko Takeyama; Tadaki Suzuki; Takao Hashiguchi; Yoshimasa Takahashi
PLOS Pathogens, 2023年08月, 査読有り, 通常論文

Structural delineation and computational design of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies against Omicron subvariants.
Saya Moriyama; Yuki Anraku; Shunta Taminishi; Yu Adachi; Daisuke Kuroda; Shunsuke Kita; Yusuke Higuchi; Yuhei Kirita; Ryutaro Kotaki; Keisuke Tonouchi; Kohei Yumoto; Tateki Suzuki; Taiyou Someya; Hideo Fukuhara; Yudai Kuroda; Tsukasa Yamamoto; Taishi Onodera; Shuetsu Fukushi; Ken Maeda; Fukumi Nakamura-Uchiyama; Takao Hashiguchi; Atsushi Hoshino; Katsumi Maenaka; Yoshimasa Takahashi
Nature Communications, 2023年07月, 査読有り, 通常論文

An Engineered Synthetic Receptor−Aptamer Pair for an Artificial Signal Transduction System
Hanrui Liu; Toni A. Baeumler; Kai Nakamura; Yuga Okada; Seojung Cho; Akihiro Eguchi; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto; Ryosuke Ueki; Shinsuke Sando
ACS Nano, 2023年05月, 査読有り, 通常論文

Molecular mechanism underlying the increased risk of colorectal cancer metastasis caused by single nucleotide polymorphisms in LI-cadherin gene.
Anna Yui; Daisuke Kuroda; Takahiro Maruno; Makoto Nakakido; Satoru Nagatoishi; Susumu Uchiyama; Kouhei Tsumoto
Scientific reports, 2023年04月, 査読有り, 通常論文

Structural Classification of CDR-H3 in Single-Domain VHH Antibodies.
Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2023年, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

ACE2 N-glycosylation modulates interactions with SARS-CoV-2 spike protein in a site-specific manner.
Ayana Isobe; Yasuha Arai; Daisuke Kuroda; Nobuaki Okumura; Takao Ono; Shota Ushiba; Shin-Ichi Nakakita; Tomo Daidoji; Yasuo Suzuki; Takaaki Nakaya; Kazuhiko Matsumoto; Yohei Watanabe
Communications biology, 2022年11月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

Molecular basis for thermal stability and affinity in a VHH: Contribution of the framework region and its influence in the conformation of the CDR3
Seisho Kinoshita; Makoto Nakakido; Chinatsu Mori; Daisuke Kuroda; Jose M.M. Caaveiro; Kouhei Tsumoto
Protein Science, 2022年10月, 査読有り, 通常論文

Residue-based program of a β-peptoid twisted strand shape via a cyclopentane constraint
Jungyeon Kim; Hiroka Kobayashi; Marin Yokomine; Yota Shiratori; Takumi Ueda; Koh Takeuchi; Koji Umezawa; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto; Jumpei Morimoto; Shinsuke Sando
Organic & Biomolecular Chemistry, 2022年09月, 査読有り, 通常論文

Oligo(N-methylalanine) as a Peptide-Based Molecular Scaffold with a Minimal Structure and High Density of Functionalizable Sites.
Marin Yokomine; Jumpei Morimoto; Yasuhiro Fukuda; Yota Shiratori; Daisuke Kuroda; Takumi Ueda; Koh Takeuchi; Kouhei Tsumoto; Shinsuke Sando
Angewandte Chemie (International ed. in English), 2022年03月, 査読有り, 通常論文

Current advances in biopharmaceutical informatics: Guidelines, impact and challenges in the computational developability assessment of antibody therapeutics
Rahul Khetan; Robin Curtis; Charlotte M. Deane; Johannes Thorling Hadsund; Uddipan Kar; Konrad Krawczyk; Daisuke Kuroda; Sarah A. Robinson; Pietro Sormanni; Kouhei Tsumoto; Jim Warwicker; Andrew C.R. Martin
mAbs, 2022年02月, 査読有り, 通常論文

Regulation of cadherin dimerization by chemical fragments as a trigger to inhibit cell adhesion
Akinobu Senoo; Sho Ito; Satoru Nagatoishi; Yutaro Saito; Go Ueno; Daisuke Kuroda; Kouhei Yoshida; Takumi Tashima; Shota Kudo; Shinsuke Sando; Kouhei Tsumoto
Communications Biology, 2021年12月, 査読有り, 通常論文

Delicate balance among thermal stability, binding affinity, and conformational space explored by single-domain VHH antibodies.
Emina Ikeuchi; Daisuke Kuroda; Makoto Nakakido; Akikazu Murakami; Kouhei Tsumoto
Scientific reports, 2021年10月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

Mechanism of dimerization and structural features of human LI-cadherin
Anna Yui; Jose M.M. Caaveiro; Daisuke Kuroda; Makoto Nakakido; Satoru Nagatoishi; Shuichiro Goda; Takahiro Maruno; Susumu Uchiyama; Kouhei Tsumoto
Journal of Biological Chemistry, 2021年09月, 査読有り, 通常論文

Peptoid-based reprogrammable template for cell-permeable inhibitors of protein–protein interactions
Yasuhiro Fukuda; Marin Yokomine; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto; Jumpei Morimoto; Shinsuke Sando
Chemical Science, 2021年08月, 査読有り, 通常論文

Anion solvation enhanced by positive supercharging mutations preserves thermal stability of an antibody in a wide pH range.
Keisuke Kasahara; Daisuke Kuroda; Aki Tanabe; Raiji Kawade; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2021年05月, 査読有り, 通常論文
責任著者

Thermodynamic Dissection of Potency and Selectivity of Cytosolic Hsp90 Inhibitors
Chihoko Yoshimura; Satoru Nagatoishi; Daisuke Kuroda; Yasuo Kodama; Takao Uno; Makoto Kitade; Khoontee Chong-Takata; Hiromi Oshiumi; Hiromi Muraoka; Satoshi Yamashita; Yuichi Kawai; Shuichi Ohkubo; Kouhei Tsumoto
Journal of Medicinal Chemistry, 2021年03月, 査読有り, 通常論文

Microsecond molecular dynamics suggest that a non-synonymous mutation, frequently observed in patients with mild symptoms in Tokyo, alters dynamics of the SARS-CoV-2 main protease
Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Biophysics and Physicobiology, 2021年
筆頭著者

Structural basis for antigen recognition by methylated lysine–specific antibodies
Misaki Ishii; Makoto Nakakido; Jose M.M. Caaveiro; Daisuke Kuroda; C.J. Okumura; Toshiaki Maruyama; Kevin Entzminger; Kouhei Tsumoto
Journal of Biological Chemistry, 2021年, 査読有り, 通常論文

Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks
Julia Koehler Leman; Brian D. Weitzner; Steven M. Lewis; Jared Adolf-Bryfogle; Nawsad Alam; Rebecca F. Alford; Melanie Aprahamian; David Baker; Kyle A. Barlow; Patrick Barth; Benjamin Basanta; Brian J. Bender; Kristin Blacklock; Jaume Bone; Scott E. Boyken; Phil Bradley; Chris Bystroff; Patrick Conway; Seth Cooper; Bruno E. Correia; Brian Coventry; Rhiju Das; René M. De Jong; Frank DiMaio; Lorna Dsilva; Roland Dunbrack; Alexander S. Ford; Brandon Frenz; Darwin Y. Fu; Caleb Geniesse; Lukasz Goldschmid; Ragul Gowthaman; Jeffrey J. Gray; Dominik Gron; Sharon Guffy; Scott Horowitz; Po-Ssu Huang; Thomas Huber; Tim M. Jacobs; Jeliazko R. Jeliazkov; David K. Johnson; Kalli Kappel; John Karanicolas; Hamed Khakzad; Karen R. Khar; Sagar D. Khare; Firas Khatib; Alisa Khramushin; Indigo C. King; Robert Kleffner; Brian Koepnick; Tanja Kortemme; Georg Kuenze; Brian Kuhlman; Daisuke Kuroda; Jason W. Labonte; Jason K. Lai; Gideon Lapidoth; Andrew Leaver-Fay; Steffen Linder; Thomas Linsky; Nir London; Joseph H. Lubin; Sergey Lyskov; Jack Maguire; Lars Malmström; Enrique Marcos; Orly Marcu; Nicholas A. Marze; Jens Meiler; Rocco Moretti; Vikram Khipple Mulligan; Santrupti Nerli; Christoffer Norn; Shane Ó’Conchúir; Noah Ollikainen; Sergey Ovchinnikov; Michael S. Pacella; Xingjie Pan; Hahnbeom Park; Ryan E. Pavlovicz; Manasi Pethe; Brian G. Pierce; Kala Bharath Pilla; Barak Raveh; P. Douglas Renfrew; Shourya S. Roy Burman; Aliza Rubenstein; Marion F. Sauer; Andreas Scheck; William Schief; Ora Schueler-Furman; Yuval Sedan; Alexander M. Sevy; Nikolaos G. Sgourakis; Lei Shi; Justin B. Siegel; Daniel-Adriano Silva; Shannon Smith; Yifan Song; Amelie Stein; Maria Szegedy; Frank D. Teets; Summer B. Thyme; Ray Yu-Ruei Wang; Andrew Watkins; Lior Zimmerman; Richard Bonneau
Nature Methods, 2020年06月, 査読有り, 通常論文

Engineering Stability, Viscosity, and Immunogenicity of Antibodies by Computational Design
Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Journal of Pharmaceutical Sciences, 2020年05月, 査読有り, 招待有り
筆頭著者

How the protonation state of a phosphorylated amino acid governs molecular recognition: insights from classical molecular dynamics simulations
Raiji Kawade; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
FEBS Letters, 2020年03月, 査読有り, 通常論文
責任著者

Per-Residue Program of Multiple Backbone Dihedral Angles of β-Peptoids via Backbone Substitutions
Jumpei Morimoto; Jungyeon Kim; Daisuke Kuroda; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto; Shinsuke Sando
Journal of the American Chemical Society, 2020年02月, 査読有り, 通常論文

Exploring designability of electrostatic complementarity at an antigen-antibody interface directed by mutagenesis, biophysical analysis, and molecular dynamics simulations
Kouhei Yoshida; Daisuke Kuroda; Masato Kiyoshi; Makoto Nakakido; Satoru Nagatoishi; Shinji Soga; Hiroki Shirai; Kouhei Tsumoto
Scientific Reports, 2019年12月, 査読有り

Effects of a remote mutation from the contact paratope on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG16
Hiroko X. Kondo; Ryo Kiribayashi; Daisuke Kuroda; Jiro Kohda; Akimitsu Kugimiya; Yasuhisa Nakano; Kouhei Tsumoto; Yu Takano
Scientific Reports, 2019年12月, 査読有り, 通常論文
責任著者

A Peptoid with Extended Shape in Water.
Jumpei Morimoto; Yasuhiro Fukuda; Daisuke Kuroda; Takumu Watanabe; Fumihiko Yoshida; Mizue Asada; Toshikazu Nakamura; Akinobu Senoo; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto; Shinsuke Sando
Journal of the American Chemical Society, 2019年09月, 査読有り, 通常論文

An epitope‐directed antibody affinity maturation system utilizing mammalian cell survival as readout
Akihiro Eguchi; Makoto Nakakido; Satoru Nagatoishi; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto; Teruyuki Nagamune; Masahiro Kawahara
Biotechnology and Bioengineering, 2019年07月, 査読有り, 通常論文

Phospholipid Membrane Fluidity Alters Ligand Binding Activity of a G Protein-Coupled Receptor by Shifting the Conformational Equilibrium.
Kouhei Yoshida; Satoru Nagatoishi; Daisuke Kuroda; Nanao Suzuki; Takeshi Murata; Kouhei Tsumoto
Biochemistry, 2019年02月, 査読有り, 通常論文

Thermodynamic and computational analyses reveal the functional roles of the galloyl group of tea catechins in molecular recognition
Tomoya Takahashi; Satoru Nagatoishi; Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
PLOS ONE, 2018年10月, 査読有り, 通常論文

Antibody Affinity Maturation by Computational Design.
Daisuke Kuroda; Kouhei Tsumoto
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2018年09月, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

Intramolecular H-bonds govern the recognition of a flexible peptide by an antibody.
Kazuhiro Miyanabe; Hiroki Akiba; Daisuke Kuroda; Makoto Nakakido; Osamu Kusano-Arai; Hiroko Iwanari; Takao Hamakubo; Jose M M Caaveiro; Kouhei Tsumoto
Journal of biochemistry, 2018年07月, 査読有り, 通常論文

Structures of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with inhibitors
Takao Hashiguchi; Yoshinari Fukuda; Rei Matsuoka; Daisuke Kuroda; Marie Kubota; Yuta Shirogane; Shumpei Watanabe; Kouhei Tsumoto; Daisuke Kohda; Richard Karl Plemper; Yusuke Yanagi
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2018年03月, 査読有り, 通常論文

Repertoire Analysis of Antibody CDR-H3 Loops Suggests Affinity Maturation Does Not Typically Result in Rigidification
Jeliazko R. Jeliazkov; Adnan Sljoka; Daisuke Kuroda; Nobuyuki Tsuchimura; Naoki Katoh; Kouhei Tsumoto; Jeffrey J. Gray
Frontiers in Immunology, 2018年03月, 査読有り, 通常論文

Assessing the Heterogeneity of the Fc-Glycan of a Therapeutic Antibody Using an engineered FcγReceptor IIIa-Immobilized Column.
Masato Kiyoshi; Jose M M Caaveiro; Minoru Tada; Hiroko Tamura; Toru Tanaka; Yosuke Terao; Koldo Morante; Akira Harazono; Noritaka Hashii; Hiroko Shibata; Daisuke Kuroda; Satoru Nagatoishi; Seigo Oe; Teruhiko Ide; Kouhei Tsumoto; Akiko Ishii-Watabe
Scientific Reports, 2018年03月, 査読有り, 通常論文

Design and Synthesis of Potent and Highly Selective Orexin 1 Receptor Antagonists with a Morphinan Skeleton and Their Pharmacologies
Hiroshi Nagase; Naoshi Yamamoto; Masahiro Yata; Sayaka Ohrui; Takahiro Okada; Tsuyoshi Saitoh; Noriki Kutsumura; Yasuyuki Nagumo; Yoko Irukayama-Tomobe; Yukiko Ishikawa; Yasuhiro Ogawa; Shigeto Hirayama; Daisuke Kuroda; Yurie Watanabe; Hiroaki Gouda; Masashi Yanagisawa
Journal of Medicinal Chemistry, 2017年02月, 査読有り, 通常論文

Modeling and docking of antibody structures with Rosetta
Brian D Weitzner; Jeliazko R Jeliazkov; Sergey Lyskov; Nicholas Marze; Daisuke Kuroda; Rahel Frick; Jared Adolf-Bryfogle; Naireeta Biswas; Roland L Dunbrack; Jeffrey J Gray
Nature Protocols, 2017年02月, 査読有り, 通常論文

Pushing the Backbone in Protein-Protein Docking.
Daisuke Kuroda; Jeffrey J Gray
Structure, 2016年10月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template‐based modeling: A CASP‐CAPRI experiment
Marc F. Lensink; Sameer Velankar; Andriy Kryshtafovych; Shen‐You Huang; Dina Schneidman‐Duhovny; Andrej Sali; Joan Segura; Narcis Fernandez‐Fuentes; Shruthi Viswanath; Ron Elber; Sergei Grudinin; Petr Popov; Emilie Neveu; Hasup Lee; Minkyung Baek; Sangwoo Park; Lim Heo; Gyu Rie Lee; Chaok Seok; Sanbo Qin; Huan‐Xiang Zhou; David W. Ritchie; Bernard Maigret; Marie‐Dominique Devignes; Anisah Ghoorah; Mieczyslaw Torchala; Raphaël A.G. Chaleil; Paul A. Bates; Efrat Ben‐Zeev; Miriam Eisenstein; Surendra S. Negi; Zhiping Weng; Thom Vreven; Brian G. Pierce; Tyler M. Borrman; Jinchao Yu; Françoise Ochsenbein; Raphaël Guerois; Anna Vangone; João P.G.L.M. Rodrigues; Gydo van Zundert; Mehdi Nellen; Li Xue; Ezgi Karaca; Adrien S.J. Melquiond; Koen Visscher; Panagiotis L. Kastritis; Alexandre M.J.J. Bonvin; Xianjin Xu; Liming Qiu; Chengfei Yan; Jilong Li; Zhiwei Ma; Jianlin Cheng; Xiaoqin Zou; Yang Shen; Lenna X. Peterson; Hyung‐Rae Kim; Amit Roy; Xusi Han; Juan Esquivel‐Rodriguez; Daisuke Kihara; Xiaofeng Yu; Neil J. Bruce; Jonathan C. Fuller; Rebecca C. Wade; Ivan Anishchenko; Petras J. Kundrotas; Ilya A. Vakser; Kenichiro Imai; Kazunori Yamada; Toshiyuki Oda; Tsukasa Nakamura; Kentaro Tomii; Chiara Pallara; Miguel Romero‐Durana; Brian Jiménez‐García; Iain H. Moal; Juan Férnandez‐Recio; Jong Young Joung; Jong Yun Kim; Keehyoung Joo; Jooyoung Lee; Dima Kozakov; Sandor Vajda; Scott Mottarella; David R. Hall; Dmitri Beglov; Artem Mamonov; Bing Xia; Tanggis Bohnuud; Carlos A. Del Carpio; Eichiro Ichiishi; Nicholas Marze; Daisuke Kuroda; Shourya S. Roy Burman; Jeffrey J. Gray; Edrisse Chermak; Luigi Cavallo; Romina Oliva; Andrey Tovchigrechko; Shoshana J. Wodak
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2016年09月, 査読有り, 招待有り

Shape complementarity and hydrogen bond preferences in protein–protein interfaces: implications for antibody modeling and protein–protein docking
Daisuke Kuroda; Jeffrey J. Gray
Bioinformatics, 2016年08月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

Large-scale sequence and structural comparisons of human naive and antigen-experienced antibody repertoires
Brandon J. DeKosky; Oana I. Lungu; Daechan Park; Erik L. Johnson; Wissam Charab; Constantine Chrysostomou; Daisuke Kuroda; Andrew D. Ellington; Gregory C. Ippolito; Jeffrey J. Gray; George Georgiou
Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016年05月, 査読有り, 通常論文

Structural insights into the reaction mechanism of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase
Yoshio Kusakabe; Masaaki Ishihara; Tomonobu Umeda; Daisuke Kuroda; Masayuki Nakanishi; Yukio Kitade; Hiroaki Gouda; Kazuo T. Nakamura; Nobutada Tanaka
Scientific Reports, 2015年12月, 査読有り, 通常論文

Design and Synthesis of Non-Peptide, Selective Orexin Receptor 2 Agonists
Takashi Nagahara; Tsuyoshi Saitoh; Noriki Kutsumura; Yoko Irukayama-Tomobe; Yasuhiro Ogawa; Daisuke Kuroda; Hiroaki Gouda; Hidetoshi Kumagai; Hideaki Fujii; Masashi Yanagisawa; Hiroshi Nagase
Journal of Medicinal Chemistry, 2015年10月, 査読有り, 通常論文

Blind prediction performance of RosettaAntibody 3.0: Grafting, relaxation, kinematic loop modeling, and full CDR optimization
Brian D. Weitzner; Daisuke Kuroda; Nicholas Marze; Jianqing Xu; Jeffrey J. Gray
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2014年08月, 査読有り, 招待有り
筆頭著者

Extending RosettaDock with water, sugar, and pH for prediction of complex structures and affinities for CAPRI rounds 20-27
Krishna Praneeth Kilambi; Michael S. Pacella; Jianqing Xu; Jason W. Labonte; Justin R. Porter; Pravin Muthu; Kevin Drew; Daisuke Kuroda; Ora Schueler-Furman; Richard Bonneau; Jeffrey J. Gray
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2013年12月, 査読有り, 招待有り

Serverification of Molecular Modeling Applications: The Rosetta Online Server That Includes Everyone (ROSIE)
Sergey Lyskov; Fang-Chieh Chou; Shane Ó. Conchúir; Bryan S. Der; Kevin Drew; Daisuke Kuroda; Jianqing Xu; Brian D. Weitzner; P. Douglas Renfrew; Parin Sripakdeevong; Benjamin Borgo; James J. Havranek; Brian Kuhlman; Tanja Kortemme; Richard Bonneau; Jeffrey J. Gray; Rhiju Das
PLoS ONE, 2013年05月, 査読有り, 通常論文

Computer-aided antibody design
Daisuke Kuroda; Hiroki Shirai; Matthew P. Jacobson; Haruki Nakamura
Protein Engineering Design and Selection, 2012年10月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

Bridging the gap between single-template and fragment based protein structure modeling using Spanner
Mieszko Lis; Taeho Kim; Jamica J. Sarmiento; Daisuke Kuroda; Huy Viet Dinh; Akira R. Kinjo; Karlou Amada; Srinivas Devadas; Haruki Nakamura; Daron M. Standley
Immunome Research, 2011年, 査読有り, 通常論文

Use of amino acid composition to predict epitope residues of individual antibodies
Shinji Soga; Daisuke Kuroda; Hiroki Shirai; Masato Kobori; Noriaki Hirayama
Protein Engineering, Design and Selection, 2010年03月, 査読有り, 通常論文

Systematic classification of CDR-L3 in antibodies: Implications of the light chain subtypes and the VL-VH interface
Daisuke Kuroda; Hiroki Shirai; Masato Kobori; Haruki Nakamura
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2009年01月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

Structural classification of CDR-H3 revisited: A lesson in antibody modeling
Daisuke Kuroda; Hiroki Shirai; Masato Kobori; Haruki Nakamura
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2008年05月, 査読有り, 通常論文
筆頭著者

★【ワクチンサイエンスとデザイン；分子から倫理まで】構造情報とコンピュータを活用したワクチンデザイン
黒田 大祐; 高橋 宜聖
BIO Clinica 2024年6月号, 2024年05月, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

★抗体および抗原の分子デザイン計算
黒田 大祐
理論化学会誌「フロンティア」, 2023年01月, 査読有り, 招待有り
筆頭著者

★【治療の可能性が広がる 抗体医薬】抗体コンピュータ設計の現在地
黒田大祐
実験医学増刊, 2022年12月, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

★計算化学による抗体の立体構造モデリング
黒田 大祐
SAR News, 2022年10月, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

★【次世代抗体医薬の衝撃 新たな標的・新たな機序によりいま再び盛り上がる抗体創薬】コンピュータ技術による抗体分子設計
黒田 大祐; 津本 浩平
実験医学, 2018年07月, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

【構造生命科学による創薬への挑戦】タンパク質工学から創薬へ 立体構造から眺めるSARS-CoV-2中和抗体
黒田 大祐; 津本 浩平
医学のあゆみ, 2021年08月, 査読無し, 招待有り
筆頭著者

【ウイルス感染症に取り組む生物物理学】ウイルス生物物理学 創薬モダリティへの貢献
前仲 勝実; 福原 秀雄; 橋口 隆生; Caaveiro Jose M.M.; 長門石 曉; 黒田 大祐; 津本 浩平
生物物理, 2021年03月, 査読無し, 招待有り

バイオ医薬品の分析のコツ 品質評価のための基礎と応用(第7回) タンパク質の分子間相互作用
津本 浩平; 長門石 曉; 中木戸 誠; 黒田 大祐
PHARM TECH JAPAN, 2018年02月, 査読無し, 招待有り

★Biopharmaceutical Informatics: Learning to Discover Developable Biotherapeutics
Sandeep Kumar; Andrew E. Nixon, 分担執筆, Chapter 6: From Deep Generative Models to Structure-Based Simulations: Computational Approaches for Antibody Design【Daisuke Kuroda】
CRC Press, 2025年01月
9781032291673

★Computer-Aided Antibody Design (Methods in Molecular Biology, 2552)
Kouhei Tsumoto; Daisuke Kuroda, 共編者(共編著者)
Humana, 2022年11月
1071626086

創薬研究のための相互作用解析パーフェクト〜低中分子・抗体創薬におけるスクリーニング戦略と実例、in silico解析、一歩進んだ分析技術まで (実験医学別冊)
津本, 浩平; 前仲, 勝実, 分担執筆, 1-19 抗体の立体構造予測と抗原とのドッキング計算【黒田大祐，津本浩平】、2-2 タンパク質-タンパク質ドッキング計算による構造予測と相互作用予測【黒田大祐，津本浩平】
羊土社, 2021年12月
4758122563

次世代医薬開発に向けた抗体工学の最前線
熊谷 泉, 分担執筆, Chapter 4.1 Antibody Informatics 【白井宏樹, 黒田 大祐】, pp.27-46
シーエムシー出版, 2012年12月, 査読無し
9784781306735

Computational Biology: New Research
Alona S Russe, 分担執筆, Protein bioinformatics for drug discovery = concavity druggability and antibody druggability =【Shirai H, Mizuguchi K, Kuroda D, Nakamura H, Soga S, Kobori M, Hirayama N】, pp.11-18
Nova Science Publishers, Inc., 2009年, 査読無し
9781606920404

★Lessons learned from antibody evolution for computational design
黒田 大祐
生体分子設計研究会 第1回研究会, 2025年12月, 招待有り

★B細胞レパトア解析と抗体分子設計
黒田 大祐
第４回日本抗体学会学術大会, 2025年12月, 招待有り

★Computer-aided antibody design: Progress and challenges
黒田 大祐
第25回日本蛋白質科学会年会, 2025年06月, 招待有り

Computer-aided antibody design
Daisuke Kuroda
Crossroads of Virology and Mathematical Sciences @ 理研iTHEMS, 2025年08月, 通常論文

科研費採択と不採択の体験談
黒田大祐
科研費獲得支援講座（日本大学文理学部）, 2025年07月, 招待有り

ウイルスに対する中和抗体理論設計のための分子基盤の構築
黒田 大祐
京都大学医生物学研究所「ウイルス・幹細胞システム医生物学共同研究拠点」キックオフミーティング, 2025年05月, 通常論文

コンピュータで探る抗体の進化と分子設計の可能性
黒田 大祐
日本大学 第5回生命科学科セミナー, 2024年12月, 招待有り

Pursuing Broadly Neutralizing Antibodies for Rational Vaccine Design
Daisuke Kuroda
Computational Vaccinology Symposium, 2024年10月, 招待有り

Exploring antibody evolution through computational and physicochemical approaches
Daisuke Kuroda
The 16th Annual Westin Immunogenicity Seminar, 2024年10月, 招待有り

計算・情報学的アプローチによる SARS-CoV-2交差中和抗体の分子設計と探索
黒田 大祐; 森山 彩野; 湯本 航平; 安達 悠; 小野寺 大志; 高橋 宜聖
第2回新型コロナウイルス研究集会, 2024年08月, 通常論文

In silico evolution of SARS-CoV-2 antibodies in humans increases the resilience against emerging Omicron subvariants
Daisuke Kuroda; Saya Moriyama; Kohei Yumoto; Yu Adachi; Taishi Onodera; Yoshimasa Takahashi
第52回日本免疫学会学術集会, 2024年01月, 通常論文

AlphaFold時代の抗体分子設計
黒田 大祐
日本化学会春季年会, 2023年03月, 招待有り

情報技術を用いた抗体の進化と分子設計に関する研究
黒田 大祐
京都大学医生物学研究所 ウイルス学の潮流セミナー2022, 2022年12月, 招待有り

抗体創薬における計算・情報科学
黒田 大祐
第5回 大阪公立大学アカデミア創薬シンポジウム, 2022年09月, 招待有り

計算・情報技術を用いた抗体設計
黒田 大祐
第22回 日本蛋白質科学会 年会, 2022年06月, 招待有り

抗体設計に関する分子シミュレーション研究
黒田 大祐
スーパーコンピュータワークショップ2021「 生体分子の構造・機能・デザインの計算科学」, 2022年01月, 招待有り

コンピュータ技術を用いた生体分子の解析と設計
黒田 大祐
次世代医療技術研究会 令和3年度 第3回情報交換会, 2021年10月, 招待有り

Computational analysis of antibodies and antibody-antigen interactions
黒田 大祐; 津本浩平
第19回あわじ感染と免疫国際フォーラム, 2021年09月, 招待有り

Exploring designability of antibodies through computational design
黒田 大祐
大阪大学・蛋白研セミナー (Antibody engineering with AI towards next generation drug discovery), 2021年08月, 招待有り

コンピュータ技術に基づく抗体の物性・機能予測の現状と課題
黒田 大祐
Focused Session in CBI Anual Meeting 2019, 2019年10月, 招待有り

採択者アドバイス
黒田 大祐
科研費 計画調書作成講習会（東京大学大学院工学系研究科）, 2019年09月, 招待有り

Addressing the Benefits of Simulations in Computer-aided Antibody Engineering
黒田 大祐
Biologics Manufacturing Japan 2019, 2019年09月, 招待有り

Computational modeling algorithms in antibody engineering: How precise are they?
黒田 大祐; 津本浩平
第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会 ワークショップ「次世代計算創薬に向けて」, 2019年06月, 招待有り

Exploring antibody designability through physicochemical analyses, mutagenesis and computations
黒田 大祐
New Frontiers of Protein Design and Engineering: Structure, Function, and Application, IMS Symposium, 2019年03月, 招待有り

蛋白質と情報科学: Protein Informatics
黒田 大祐
拡大実験検討会 (シスメックス 株式会社), 2018年12月, 招待有り

コンピュータを用いた抗体工学研究
黒田 大祐
第4回 蛋白質工学研究会ワークショップ, 2018年06月, 招待有り

コンピュータ技術を用いたタンパク質のモデリング計算とその応用
黒田 大祐
東京大学 工学部 化学生命工学科 講演会, 2018年03月, 招待有り

コンピュータを用いた蛋白質の研究
黒田 大祐
昭和大学 薬学部 納涼会セミナー, 2015年07月, 招待有り

Interplay between conformer selection and induced-fit in protein-protein recognition: Insight from docking simulations
黒田 大祐
先端融合科学シンポジウム 生体分子のダイナミクスを眺める, 2015年01月, 招待有り

Five years research life at IPR and the following 4 years
黒田 大祐
IPR Retreat 2014, 2014年12月, 招待有り

蛋白質複合体構造予測の現状と課題: フレキシブルドッキング手法開発に向けての取り組み
黒田 大祐
大阪大学・蛋白研セミナー, 2014年01月, 招待有り

Antibody structure prediction toward design
黒田 大祐
大阪大学・蛋白研セミナー, 2014年01月, 招待有り

Capturing Binding-Induced Conformational Changes in Protein Engineering Calculations
Kuroda D; Gray JJ
AIChE 2013 Annual Meeting, 2013年11月, 通常論文

Pushing the Backbone in Flexible Protein-Protein Docking
Kuroda D
RosettaCon 2013, 2013年07月, 通常論文

PDB情報を用いた抗体相補性決定領域の構造分類・予測/MD計算を用いた構造探索
黒田 大祐
第28回 タンパク質・核酸構造理論勉強会, 2009年07月, 通常論文

計算機による抗体設計: 薬らしさの指標の提案
黒田 大祐
第1回生命情報科学若手の会, 2009年04月, 通常論文

Protein Informatics for antibody drug discovery
黒田 大祐
お茶の水女子大学 生命情報学教育センター 学内セミナー, 2009年01月, 招待有り

計算機による抗体設計実現に向けて: 知識ベースによるアプローチ
黒田 大祐
Bioinformatics研究若手の会, 2008年10月, 通常論文

データベース解析による蛋白質の配列・構造・機能相関研究
黒田 大祐
生物物理若手の会, 2008年08月, 通常論文

抗体カノニカル構造再訪
黒田 大祐
第27回 タンパク質・核酸構造理論勉強会, 2008年06月, 通常論文

生命科学特別講義４（創薬）
2026年09月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生命科学のためのプログラミング入門
2026年09月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生体情報学２
2025年09月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

学問の扉
2025年09月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生命情報学特論
2025年09月 - 現在
日本大学大学院 総合基礎科学研究科 相関理化学専攻

構造生物学
2025年09月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

特別研究（卒業研究）
2025年04月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生命科学専門実験
2025年04月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生体情報学１
2025年04月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生命科学データ処理
2025年04月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

基礎数学
2025年04月 - 現在
日本大学 文理学部 生命科学科

生命科学特別講義１（バイオテクノロジー）
2025年09月 - 2026年03月
日本大学 文理学部 生命科学科

プログラミング入門
2025年09月 - 2026年03月
日本大学 文理学部 生命科学科

生命科学
2020年 - 2022年
東京大学 教養学部前期課程

データサイエンスチュートリアル
2020年 - 2021年
東京大学 工学部

バイオエンジニアリング輪講
2018年 - 2021年
東京大学 大学院工学系研究科

バイオテクノロジーII
2018年 - 2021年
東京大学 工学部

生命工学実験及演習
2018年 - 2021年
東京大学 工学部

化学生命工学基礎
2018年 - 2021年
東京大学 教養学部前期課程

医用生命科学基礎
2018年 - 2021年
中央大学 大学院理工学研究科

基礎機能化学II
2018年 - 2021年
東京大学 大学院工学系研究科

発展薬学研究
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

アドバンスト薬学英語
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

理論・実践薬学演習
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

総合薬学研究
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

実務実習事前学習
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

初年次体験実習
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

物質の性質と分析実習
2015年 - 2016年
昭和大学 薬学部

チーム医療の基盤Ｂ/PBLチュートリアル
2015年 - 2015年
昭和大学 薬学部

日本バイオインフォマティクス学会

人工知能学会

The Protein Society

日本生物物理学会

日本蛋白質科学会

言語処理学会

B細胞レパトアから学ぶ抗体の進化と多変数最適化戦略
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2026年04月 - 2030年03月
黒田大祐; 冨塚 一磨; 木吉 真人

大規模言語モデルに基づく中和抗体理論設計のための分子基盤
京都大学医生物学研究所, ウイルス・幹細胞システム医生物学共同研究拠点, 2026年04月 - 2027年03月
黒田大祐; 橋口隆生

構造情報に基づくB細胞レパトアマイニング技術の確立と抗体低分子量化への応用
AMED, 新興・再興感染症研究基盤創生事業（多分野融合研究領域）, 2024年11月 - 2027年03月
黒田 大祐; 高橋 宜聖; Adnan Sljoka; 橋口 隆生; 長門 石曉

ウイルス免疫逃避に対抗する液性免疫記憶の進化機序の解明
AMED, 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST）, 2022年10月 - 2028年03月
高橋 宜聖; 山下 和男; 前仲 勝実; 黒田 大祐 (2025年度からは協力者)

データ駆動型サイエンスによる中分子細胞膜透過性の創造
JST, CREST, 2021年10月 - 2027年03月
山東 信介; 佐藤 一誠; 梅澤 公二; 黒田 大祐 (2022年度からは協力者)

ウイルスに対する中和抗体理論設計のための分子基盤の構築
京都大学医生物学研究所, ウイルス・幹細胞システム医生物学共同研究拠点, 2025年04月 - 2026年03月
黒田 大祐; 橋口 隆生

脳オルガノイドとマウスモデルを用いたパラミクソウイルス中枢神経感染制御の 研究
AMED, 新興・再興感染症研究基盤創生事業（多分野融合研究領域）, 2023年06月 - 2026年03月
橋口 隆生; 永樂 元次; 酒井 康成; 黒田 大祐; 森本 淳平

計算・情報科学で挑む医薬品の合理的な脳内輸送
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2021年07月 - 2025年03月
黒田 大祐; 安楽 泰孝; 橋口 隆生

構造情報を活用した交差中和抗体の分子デザインおよびスクリーニング手法 の開発
AMED, 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業, 2023年10月 - 2024年03月
森山 彩野; 黒田 大祐

感染症B細胞レパトア解析のための計算・情報基盤の構築
AMED, 新興・再興感染症研究基盤創生事業 (多分野融合研究領域), 2021年12月 - 2024年03月
黒田 大祐; 高橋 宜聖; Adnan Sljoka; 橋口 隆生; 長門 石曉

パラミクソウイルス中枢神経感染の分子機構解明と治療法創出に関する研究開発
AMED, 新興・再興感染症研究基盤創生事業(多分野融合研究領域), 2020年07月 - 2023年03月
橋口 隆生; 酒井 康成; 渡辺 俊平; 黒田大祐

In silico デザインで実現する受容体アゴニストの精密活性制御
AMED, 創薬基盤推進研究事業, 2020年06月 - 2023年03月
山東 信介; 植木亮介; 黒田大祐

蛋白質エンジニアリングにおけるローカルフラクチュエーションの解明とその制御
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2020年04月 - 2023年03月
津本 浩平; 長門石 曉; 黒田 大祐; 中木戸 誠

バーチャル空間における機能性分子創製法の確立とその実験的検証
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2019年04月 - 2023年03月
黒田 大祐; 森本 淳平; 田部 亜季

物理化学/計算科学を駆使したヒト化単ドメイン抗体取得系の高度化と汎用化
AMED, 創薬基盤推進研究事業, 2018年05月 - 2023年03月
中木戸 誠; 黒田 大祐

細胞内タンパク質間相互作用を標的とする中分子創薬技術の開発
AMED, 創薬基盤推進研究事業, 2019年12月 - 2022年03月
森本 淳平; 黒田 大祐

腫瘍浸潤T細胞が認識するがん特異的抗原の網羅的解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2019年04月 - 2022年03月
清谷 一馬; 黒田 大祐

リード創製を指向した物理化学的品質評価技術の開発と支援
AMED, 創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業, 2017年04月 - 2022年03月
津本 浩平; 長門石 曉; 中木戸 誠; 黒田 大祐

デジタル情報からの抗体高機能化を実現する計算・情報技術
公益財団法人 大川情報通信基金, 研究助成, 2021年01月 - 2021年12月
黒田 大祐

蛋白質の弱い相互作用トリガーシステムの解明とその設計提案
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2018年04月 - 2021年03月
長門石 曉; 黒田 大祐

構造生物学的手法による麻疹ウイルス中枢神経持続感染の治療薬創出を目指した研究
AMED, 感染症研究革新イニシアティブ (J-RRIDE), 2017年08月 - 2020年03月
橋口 隆生; 渡辺 俊平; 黒田 大祐

抗体変異体バーチャルライブラリの構築と機械学習を用いたスクリーニング系の確立
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2017年04月 - 2020年03月
黒田 大祐

計算・情報科学的アプローチを基盤とした合理的抗体設計
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 2015年08月 - 2017年03月
黒田 大祐

構造バイオインフォマティクスによる抗体抗原認識機構の解明と新規抗体設計手法の開発
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 2009年 - 2010年
黒田 大祐

★Rosetta affiliate
企画立案・運営等
Rosetta Consortium, 2019年 - 現在

Guest Editor (Progress and Challenges in Computational Structure-Based Design and Development of Biologic Drugs)
企画立案・運営等
Frontiers in Molecular Biosciences, 2023年

第28回タンパク質・核酸構造理論勉強会
企画立案・運営等
2009年

生命情報科学若手の会 運営スタッフ・設立発起人
企画立案・運営等
2009年

第 1 回バイオインフォマティクス研究若手の会
企画立案・運営等
2008年